观察到的绝大多数不良事件均在眼部。在一项5年的开放性的拉坦前列素安全性研究中，33%的病人出现虹膜色素沉着（见（注意事项））。其他的眼部不良事件一般都是短暂的且只在用药时发生。依据发生频率，不良事件可分为：很常见（≥1/10），常见（≥1/100且<1/10），少见（≥1/1000且<1/100），罕见（≥1/10，000且<1/1000），非常罕见（<1/10，000）。未知（无法从已有数据中估测）。
1、感染和侵染：
未知：疱疹性角膜。
2、眼：
（1）很常见：虹膜色素沉着、轻至中度结膜充血、眼刺激（灼烧感、有砂砾感、瘙痒、刺痛和异物感）、睫毛和毳毛变化（变长、变粗、色素沉着、睫毛数量增加）（大多数为日本的患者）。
（2）常见：暂时性点状上皮糜烂（大多无症状）、睑炎、眼痛。
（3）少见：眼睑水肿、干眼、角膜炎、视物模糊、结膜炎。
（4）罕见：虹膜炎/葡萄膜炎（许多病人具有伴随的诱因）、黄斑水肿、有症状的角膜水肿和糜烂、眶周水肿，倒睫毛有时引起眼刺激，在睑板腺腺体开口处双排睫毛（双行睫毛）、畏光。
（5）非常罕见：眶周和眼睑的变化导致眼睑沟加深。
（6）未知：虹膜囊肿。
3、神经系统
未知：头疼，头晕。
4、心脏：
（1）非常罕见：加重心脏病患者的心绞痛。
（2）未知：心悸。
5、呼吸、胸和纵隔：
罕见：哮喘、哮喘加重和呼吸困难。
6、皮肤和皮下组织：
（1）少见：皮疹。
（2）罕见：眼睑局部皮肤反应，眼睑皮肤变暗。
（3）未知：中毒性表皮坏死松解症。
7、骨骼肌肉和结缔组织：
未知：肌痛，关节疼痛。
8、全身及给药部位：
非常罕见：胸痛。
在一些角膜严重受损的患者中，已有非常罕见的角膜钙化的病例报告，其与使用含磷酸盐的滴眼液相关。
9、儿童：
儿童患者中进行的两个短期临床试验（≤12周，共入组93例，受试者分别为25例和68例）显示儿童的安全性与成人类似，没有出现新的不良事件。在不同年龄的儿童亚群中，安全性也类似。与成人相比，在儿童中出现较为频繁的不良事件是鼻咽炎和发热。
