1、整体而言，约有75%药物不良反应发生在治疗前3个月，超过90%发生在前6个月。一些剂量依赖性的不良反应症状，通常可以由减少剂量而缓解。肠道细菌将柳氮磺吡啶分解成磺胺嘧啶和5-氨基水杨酸，所以可能发生磺胺药物或水杨酸盐药物引起的不良反应。具有慢乙酰化代谢表型的患者更可能对磺胺嘧啶产生药品不良反应。
2、柳氮磺吡啶用于治疗溃疡性结肠炎时，最常见的不良反应有厌食、头痛、恶心、呕吐、胃部不适和明显的可逆性少精子症。约有三分之一的治疗患者会出现这些不良反应。发生概率较小的不良反应有瘙痒、荨麻疹、皮疹、发热、变性珠蛋白小体贫血、溶血性贫血和紫绀等症状，这些不良反应的发病率一般低于1/30。以往的经验表明每日的服药剂量为4克或4克以上，或血清总磺胺嘧啶浓度超过50g/ml时，不良反应的发生率呈增加的趋势。
3、成人类风湿性关节炎患者在服用柳氮磺吡啶时也会出现相似的不良反应，某些反应的发病率会更高。在类风湿性关节炎研究中有以下常见的不良反应：恶心（19%）、消化不良（13%）、皮疹（13%）、头痛（9%）、腹痛（8%）、呕吐（8%）、发热（5%）、头晕（4%）、口腔炎症（4%）、皮肤瘙痒（4%）、肝功能异常（4%）、白细胞减少（3%）及血小板减少（1%）。有报道该药会引起免疫球蛋白表达抑制，其发生率为10%。该症状可缓慢逆转，且临床表现较少见。
4、一般来说，幼年型类风湿性关节炎患儿的不良反应与成人类风湿性关节炎患者的不良反应相似，不过全身型幼年类风湿性关节炎患儿血清病样症状的发生率较高。
5、一项临床试验表明免疫球蛋白表达抑制的发生率约为10%。虽然下列清单中包括的一些不良反应不在本药报道过的不良反应范围之内，但是由于在磺胺类药物之间药理学上的相似性，在给患者服用柳氮磺吡啶肠溶片时需要考虑到所有这些不良反应。不常见或罕见的不良反应包括：
（1）血液系统障碍：再生障碍性贫血、粒细胞缺乏症、巨幼细胞性（巨红细胞性）贫血、紫癜、低凝血酶原血症、高铁血红蛋白血症、先天性中性粒白细胞减少症及骨髓增生异常综合征。
（2）超敏反应：多形性红斑（Stevens-Johnsonsyndrome）、剥脱性皮炎、表皮坏死松解症（Lyell’ssyndrome）伴角膜损伤、药疹伴嗜酸性粒细胞增多和系统症状（DRESS）、过敏反应、血清病综合征、间质性肺病、肺炎或伴有嗜酸性粒细胞增多、血管炎、纤维性肺泡炎、胸膜炎、心包炎或伴有心包填塞、过敏性心肌炎、结节性多动脉炎、狼疮样综合征、伴有或不伴有免疫复合物形成的肝炎及肝坏死、重症肝炎有时需肝移植、急性痘疮样型副银屑病（Mucha-Habermansyndrome）、横纹肌溶解症、光敏反应、关节疼痛、眶周水肿、结膜和巩膜充血及脱发。
（3）胃肠反应：肝炎、肝功能衰竭、胰腺炎、血性腹泻、叶酸吸收障碍、地高辛吸收障碍、口腔炎症、腹泻、腹痛及中性粒细胞减少性小肠结肠炎。
（4）中枢神经系统反应：横断性脊髓炎、惊厥、脑膜炎、暂时性脊柱后路病变、马尾综合征、格林-巴利综合征、外周神经病变、精神抑郁症、眩晕、听觉丧失、失眠、共济失调、感知错幻、耳鸣及嗜睡。
（5）肾脏反应：中毒性肾病变伴少尿和无尿、肾炎、肾病综合征、尿路感染、血尿、晶体尿、蛋白尿和溶血性尿毒症。
（6）其它反应：尿液变色和皮肤变色。
6、磺胺类药物与一些致甲状腺肿大、利尿剂（乙酰唑胺和噻嗪类）和口服降糖药有一定的化学相似性。使用磺胺类药物的患者很少出现甲状腺肿大、多尿和血糖过低等症状。
7、这些药物间可能存在交叉敏感。大鼠对磺胺类药物的致甲状腺肿作用尤其敏感，长期用药曾引起大鼠罹患甲状腺癌。
8、上市后报告在临床实践时使用含有（或经代谢转化为）5-氨基水杨酸的药物会出现以下症状。这些症状是患者自愿报道的，受试者数量不详，因此无法估算其发生概率。包含这些症状是因为考虑到其严重性、相关报道出现的频率以及它们与5-氨基水杨酸间潜在的因果关系。
9、胃肠道症状：有肝中毒的报道，包括肝功能检查值偏高（门冬氨酸氨基转移酶、丙氨酸氨基转移酶、谷氨酰基转移酶、乳酸脱氢酶、碱性磷酸酶、胆红素）、黄疸、淤胆型黄疸、肝硬化、可能还有肝细胞受损、包括肝坏死和肝功能衰竭。这些病例中的某些可能引起死亡。此外，还报道过一例导致肝功能改变的川崎综合征。
