在头孢菌素治疗期间可能观察到下述不良反应：
1、超敏反应：过敏性皮肤反应；皮疹、荨麻疹、瘙痒、药物热；有可能发生严重的急性过敏反应；血管性水肿、支气管痉挛，需要紧急处理。如同其它头孢菌素，多形性红斑、Stevens-Johnson综合征、毒性上皮坏死溶解等大疱性反应的个例亦有报导。
2、对胃肠道的影响：恶心、呕吐、腹泻：罕见病例中可有伪膜性结肠炎（见特别警告及使用注意事项）。
3、对肝功能的影响：血清肝酶（如谷草转氨酶（GoT），谷丙转氨酶（GPT），碱性磷酸酶）、γ-GT、乳酸脱氢酶（LDH）及/或胆红素升高。这些实验室检查异常（亦可由感染引起）很少超过正常值上限的两倍并造成肝脏损伤症状，通常为胆汁郁积且常没有症状。
4、对肾功能的影响：可有血清肌酐及尿素的轻度增高，但大多数情况下无需因此中止治疗。在其它头孢菌素治疗期间曾观察到个别病例发生间质性肾炎，罕见急性肾衰发生。
5、血液成分改变：血小板减少：嗜酸性粒细胞増多：极少见溶血性贫血。如同其它β-内酰胺抗菌素，头孢匹罗治疗期间有可能发生中性粒细胞减少及更少见的中性粒细胞缺乏，特别是治疗时间长时。对于疗程长于10天的患者应监测血象（见特别注意事项及警告）。
6、局部反应：静脉壁炎性刺激及注射部位疼痛。
7、神经系统影响：曾报导有极少数病例发生惊厥。如同其它头孢菌素，在大剂量治疗时特别是在肾功能不全患者中可发生可逆性的脑病。
8、双重感染：如同其它头孢菌素，头孢匹罗，特别是长期应用时有可能导致包括念珠菌（Moniliasis）在内的非敏感病原菌的过度生长。反复评估患者状况非常关键。如发生继发性感染，则需采用相应的措施。
9、其它：注射后味觉及/或嗅觉异常，头痛，发热。
