1、肾毒性：奈替米星引起的肾脏不良反应为1000人中有7倒，可表现为血清肌酐值上升，并可能伴随尿量减少，尿中出现肾小管管型细胞或蛋白质；血尿素氮值上升或者是肌酐清除率下降。这些不良反应在老年人有肾脏损害病史的病人，接受长时期或者超过推荐剂量的药物治疗的病人身上发生更加频繁。虽然，在氨基糖苷类抗生素治疗后可能会发生永久性的肾损害，我们观察到的由奈替米星引起的肾损害通常是轻度、可逆的，并且是在治疗结束后，在药物被排泄时发生的。

2、神经毒性：有关于对听觉神经和第八对颅神经的前庭分支有不良反应的报道。与奈替米星相关的听力改变在每1000人中约发生4例，与奈替米星相关的主观听力丧失大约每250人中发生1例，与奈替米星相关的前庭异常在每150人中发生1例。那些可能使与氨基糖苷类抗生素相关的耳毒性发生率风险增加的因素包括：肾损害（特别是严重到需要透析的病人），药物过量，脱水，给药时合用利尿酸和呋喃苯胺酸或先前已经用过其它耳毒性药物。也报道有外周神经病变或脑病，包括麻木，皮肤麻刺感，肌肉刺痛，惊厥和毒性样肌无力综合征发生。症状包括头晕、眩晕、耳呜、眼球震颤和听力丧失。由氨基糖苷类抗生素引起的耳毒性通常是不可逆的。耳蜗损害，通常只是在高频音波下听觉测试结果发生微小的改变，并不会发生主观听力丧失。前庭功能障碍通常引起眼球震颤、眩晕、恶心、呕吐或急性美尼尔综合征。那些有正常肾功能且在给奈替米星注射剂时没有超过推荐剂量或长于推荐时间的病人发生毒性作用的风险较低。一些曾经接受过其它氨基糖苷类抗生素治疗时发生毒性神经反应的病人现在进行奈替米星治疗时没有进一步发生毒性反应。

3、在由氨基糖苷类抗生素治疗后会发生由神经肌肉阻滞后引起的急性肌肉麻痹和呼吸暂停。

4、其它在给奈替米星注射剂时不良反应发生率如下：

（1）血清氨基转移酶（SGOT和SGPT）、碱性磷脂酸酶、胆红素值上升，发生率约为每1000人中15例。

（2）皮疹或瘙痒，发生率约为每1000人中4 – 5例；嗜酸性粒细胞增多，发生率约为每1000人中4例。

（3）血小板增多，发生率约为每1000人中2例。

（4）凝血时间延长，发生率约为每1000人中1例。

（5）发热，发生率约为每1000人中1例。

（6）发生率为每1000人中少于1例不良反应且与奈替米星相关的有贫血，白细胞减少，血小板减少，白血病样的反应，周围血象中有未成熟的白细胞，高血钾，呕吐，腹泻，心悸，低血压，头痛，定向力障碍，视力模糊或感觉异常。

（7）肌肉注射和静脉滴注的局部耐受性较好，但每1000人中约有4例出现严重的疼痛，有相似数目的病人出现硬块或血肿。