1、泌尿系统：异环磷酰胺的应用常并发泌尿系统的毒副作用，特别是出血性膀胱炎。因此建议给予本药每一剂量前要作尿常规分析，如果显微镜检查有血尿（每高倍视野所见红细胞多于10个），应停用，直至完全消除血尿。以后本药的应用要同时大量喝水或注射大量的水溶液。

2、造血系统：异环磷酰胺与其他化疗药合用，常出现严重的骨髓抑制。因此建议密切监测血液学指标。在每次用药前和适当的间隔时间要作白细胞、血小板计数与血红蛋白测量。除非临床必需，白细胞少于2000/ul和（或）血小板少于50000/ul的病人，不应给予异环磷酰胺。

3、中枢神经系统：异环磷酰胺治疗后报告神经症状有：嗜睡、精神错乱、幻觉，有些情况下出现昏迷。发生这些症状时停止应用本药。这些症状通常是可逆的，可采取对症的支持疗法直至其完全消失。

4、本品水溶液不稳定，须现配现用。配药时应戴手套，不慎接触本品时，可能发生皮肤反应，应立即用肥皂和清水彻底清洗。

5、实验室检查：治疗期间病人的血液（特别是中性白细胞和血小板）应定期检测，以了解造血抑制的程度。也应定期检查尿中的红细胞，它可出现在出血性膀胱炎之前。

6、异环磷酰胺在以下情况应慎用：肝肾功能受损者；骨髓功能受损者，如白细胞减少，粒细胞减少；广泛的骨髓癌转移；先作了放射治疗，或以前用了其他细胞毒药物治疗的；低蛋白血症；育龄期妇女。

7、孕妇及哺乳期妇女用药：动物研究显示本品有致突变、致畸胎作用，可造成胎儿死亡或先天畸形，妊娠妇女禁用。本品可在乳汁中排出，在开始用药时必须终止哺乳。

8、儿童用药：尚不明确。

9、老年用药：尚不明确。

10、药物过量：由于异环磷酰胺无特异的解毒剂，因而每次用药时要特别谨慎。在治疗异环磷酰胺用药自杀、意外用药过量或中毒时，可以进行血液透析。药物应用过量时，不良反应最常见的是骨髓抑制，主要表现为白细胞减少。骨髓抑制的持续时间及严重程度与药物过量的程度有关，需要经常监测血象及患者的一般情况。若出现严重中性粒细胞减少，需要进行炎症预防，治疗感染需使用足量的抗生素。若出现血小板减少，要根据需要补充血小板。如果没有预防或预防不充分也会发生严重出血性膀胱炎。如果发生异环磷酰胺相关性脑病，可以考虑亚甲蓝的使用。